Жанр
фантастика, меха, психологическая драма, апокалиптика, сёнэн

Согласно сериалу, в 2000 году была организованна экспедиция в Антарктиду, целиком состоящая из членов организации «Seele», окруженной множеством грязных слухов и возглавляемая доктором Кацураги. Эта экспедиция нашла в Антарктиде существо, названное впоследствии первым Ангелом, Адамом. В результате эксперимента, проводимого над ним в соответствии с планами Seele, произошёл катаклизм, названный «Вторым Ударом». Истинная причина катаклизма была скрыта от общественности — по официальной версии, виной был метеорит, врезавшийся в Антарктиду на околосветовой скорости. В результате катаклизма планета изменила наклон своей оси, что привело к глобальным изменениям климата и вечному лету в Японии. Значительная часть суши ушла под воду. Половина человечества была уничтожена, оставшаяся погрузилась в войны. Первый год после Второго Удара стал адом, который нельзя описать словами. Также погибла вся экспедиция доктора Кацураги за исключением Гэндо Икари, покинувшего Антарктиду незадолго до катастрофы, и дочери доктора Кацураги, Мисато, которую её отец спас ценой собственной жизни. После Второго Удара был организован институт Gehirn, занимающийся дальнейшим продвижением планов Seele, а также разработкой боевых биороботов, Евангелионов, необходимых, чтобы противостоять Ангелам. После самоубийства ведущего учёного института, Наоко Акаги, Gehirn был преобразован в институт Nerv. Вместе с этими двумя организациями был создан институт Marduk, в чьи обязанности входил поиск по всему миру кандидатов в пилоты Евангелионов.
События сериала начинаются в 2015 году. К этому моменту человечество справилось с войнами, на полках магазинов вновь появились товары, но с каждым годом рождается всё меньше детей. Токио уничтожен, а столица перенесена в Токио-2. Под прикрытием «переезда столицы» создан город-крепость Токио-3. В этой обстановке главный герой сериала Синдзи Икари вызван в Токио-3 своим отцом, Гэндо Икари, что должно стать их первой встречей за последние три года. Одновременно с этим, впервые за последние пятнадцать лет, Токио-3 атакуется Ангелом, против которого бессильны военные. По прибытии Синдзи в Nerv выясняется, что Гэндо является главой Nerv и вызвал Синдзи только за тем, чтобы тот стал пилотом Евангелиона. Так как Ангел уже вторгся в Токио-3, Синдзи предлагается незамедлительно вступить в бой, несмотря на полное отсутствие у него навыков. При этом Nerv исходит из того, что, хотя шансы Синдзи невысоки, требуется хоть кто-то на место пилота. Гэндо легко принимает отказ Синдзи и собирается заменить его тяжело раненой Рей Аянами. Видя её состояние, Синдзи соглашается занять место пилота и сразу же достигает 41,3 % синхронизации с Евангелионом, чем вызывает удивление Рицуко Акаги, ведущего учёного-специалиста Nerv. Однако, его навыков не хватает даже на то, чтобы удержать Евангелион на ногах, и Ангел с легкостью пробивает Евангелиону голову. После этого Евангелион переходит в состояние берсерка и побеждает Ангела. На месте пилота Синдзи вместе с двумя другими пилотами — Рей и Аской — борется с Ангелами.
Параллельно с этим постепенно раскрываются тайны Nerv и истинные цели этой организации и стоящего за ней Seele. Как выясняется, параллельно с официальной целью защиты от Ангелов, Nerv также занят реализацией Проекта Содействия. Согласно идее этого проекта, люди утратили некую свою часть. Содействие же — не более чем возврат к началу, к матери, утерянной в этом мире. Все души сольются в одну и достигнут таким образом вечного покоя. Последние две серии сериала посвящены финалу этого проекта — слиянию всех душ в одну. В ходе этого слияния — две последние серии — герои анализируют мотивы себя и других. При этом акцент делается на самоанализе Синдзи на том основании, что у авторов нет времени, чтобы показать весь процесс Содействия. И в ходе Содействия Синдзи в конечном итоге избавляется от ненависти к себе.